Ecco che cosa è successo nella prima puntata de Il Commissario Zagaria: Mario Palmas, un ragioniere, viene trovato cementato fuori dalla provincia di Lecce. Ad indagare è chiamato Pasquale Zagaria (Lino Banfi), il quale immediatamente sospetta del conte Rocco Matera (Antonio Stornaiolo), un uomo discutibile, secondo il bonaccione commissario. Tuttavia sia il procuratore capo Furia (Luigi Petrucci) che il sostituto procuratore Emma Sardella (Rosanna Banfi) non sono dello stesso avviso: non esistono prove contro il nobile. Incaponitosi, il commissario riesce comunque ad ottenere un incontro con Matera, ma accompagnato però dal Procuratore. Matera, interrogato, getta fango sul suo ragioniere, dicendo che l’uomo stava iniziando a frequentare delle cattive compagnie, tali da aver potuto magari anche aver passato sottobanco delle informazioni personali…
Nel frattempo, in città è arrivato Stefano Amato (Marco Cocci) vicequestore della Scientifica, mandato a Lecce da Firenze per riorganizzare il dipartimento della Scientifica locale. Il questore Furia comunica a Zagaria che saranno colleghi, tali da lavorare in coppia. Il primo incontro tra i due è esilarante: il commissario scambia il dottore per un pappone che l’agente De Simone (Sandro Ghiani) aveva appena comunicato a Zagaria essere stato catturato. Superato il primo momento di imbarazzo, Zagaria accompagna Amato in un polveroso ufficio privo di tutto. La prima impressione del vicequestore non è delle migliori, ma la presenza della giovane poliziotta Anna Lepore (Isabella Adriani) rende il tutto meno spaventoso.
A casa Zagaria, il figlio Enrico (Luigi Santamaria), la moglie Emma e la nipotina Giulia hanno organizzato una festicciola per festeggiare il compleanno del commissario, ma ovviamente Pasquale e la nuora finiscono, dopo la cena, a parlare di Palmas: forse non tutto ciò che ha detto Matera era falso.
Il giorno dopo, il commissario, il dottor Amato, l’agente De Simone e l’agente Lepore si recano allo stabilimento di Pagano, dove un contrabbandiere, noto come “Il Mitico”, viene trovato morto sulla spiaggia. Amato e Zagaria hanno le prime divergenze sui metodi di lavoro: il primo è preciso e scrupoloso, il secondo invece è più spiccio e diretto.
Zagaria va ad interrogare il proprietario dello stabilimento, vecchio amico di infanzia, il quale aveva Palmas come ragioniere e quindi pare essere direttamente collegato a Matera.
Pagano e Matera si incontrano, decidendo sul da farsi: loro sono i capi della loro terra, nessun’altro deve metterlo mai in dubbio, nè i delinquenti calabresi nè tanto meno Zagaria.
Il medico legale conferma che il Mitico è stato ucciso da un colpo a bruciapelo in testa e che sicuramente è stato fatto fuori come monito. Amato accusa Zagaria di usare metodi antiquati, così decide di fare a modo suo. Con l’aiuto dell’agente Lepore, vanno al Mercato rionale giusto in tempo per assistere ad una sparatoria: due uomini in moto sparano sulla folla, e mentre uno riesce a scappare, l’altro viene catturato da Stefano.
Portato in questura, l’uomo si rifiuta di collaborare, chiudendosi in un mutismo serrato. A quel punto, Zagaria deve ammettere che Amato non è certo il professorino che si aspettavano. Inoltre, riceve un bigliettino da Pagano per incontrarsi in una chiesa. Zagaria se ne stupisce: lui e Pagano sono amici di lunga data, non si è mai comportato in quel modo.
Ma Pagano è preoccupato per Sara, sua figlia, che si era allontanata da lui quando aveva scoperto dello stile di vita del padre, ma ora sono ben due giorni che non la riesce a contattare e l’uomo ha paura che sia in pericolo, magari rapita dai calabresi.
Zagaria va alla palestra Nest per indagare su Sara Pagano, chiedendo informazioni al giovane Basso, il proprietario. Anche il ragazzo è stupito della scomparsa improvvisa della ragazza, sempre così precisa e scrupolosa nel lavoro. Così decide di andare direttamente a casa della ragazza per degli accertamenti, trovandoci proprio Amato. Scavalcando le procedure da manuale, cosa che fa storcere il naso ad Amato, ed approfittando delle sue conoscenze, Zagaria si fa lasciare le chiavi dell’appartamento della ragazza dal portinaio.
Matera organizza un incontro con i calabresi: a nessuna delle parti interessa attirare l’attenzione della polizia.
Zagaria, Amato e De Simone vanno in università per trovare indizi riguardo Sara. Delle studentesse li indirizzano dal professor Simi, il relatore di tesi di Sara. Parlando con Simi, il professore confessa, molto imbarazzato, che la relazione tra i due va oltre il semplice rapporto professore/studentessa, ma dichiarando anche di non vederla da una settimana, molto più del tempo in cui Sara risulta scomparsa.
Amato, in facoltà, incontra Nicoletta (Ana Caterina Morariu), la ragazza che l’aveva accompagnato in città dalla stazione il giorno del suo arrivo…
Anche l’agente Lepore si è data da fare: un’altra ragazza pare essere scomparsa da sabato sera, Veronica Spoletini, probabilmente era un’amica di casa e le due sono uscite insieme per andare in discoteca. Con una denuncia ufficiale, la polizia può iniziare le indagini in maniera chiara. Andando a cercare in casa di Veronica, si scopre che la ragazza era la fidanzata proprio del proprietario della palestra Nest, dove Veronica e Sara si erano conosciute.
Il vicequestore ed il commissario vanno al Pepe Nero, la discoteca dove sono andare Sara e Veronica l’ultima sera. Saracino, il proprietario del locale, viene messo in guardia dai due, ma l’uomo nasconde molto più di quello che vuole dire…
Stefano va a pranzo con Nicoletta, ritornata a Lecce da Londra dopo cinque anni. Tra i due scocca immediatamente la scintilla, ma cosa nasconde la ragazza?
Nel mentre, il procuratore ha scoperto l’identità dell’uomo arrestato da Amato, ma la novità è rappresentata dai retroscena che nascondeva Palmas: l’uomo nascondeva un dossier segreto che riguardava il commendatore Matera, proprio come Zagaria aveva sospettato dall’inizio. Amato allora mette a disposizione la sua tecnologia: intercettazioni ambientali tramite le “cimici” di una volta.
Zagaria ed Amato vanno da Matera: mentre il commissario intrattiene Matera, cercando di carpirgli qualche informazione, Stefano, furbescamente, cerca di attaccare la cimice. Proprio mentre però sta per agire, ecco la sorpresa: Nicoletta è la figlia di Matera! Ma mentre lui è preoccupato, Nicoletta è invece molto tranquilla e per nulla intimorita.
Matera e Pagano hanno un altro incontro: davanti alla rabbia di Pagano, che vorrebbe un po’ più d’azione, Matera consiglia al socio di mantenere la calma, informandolo di aver preso contatti con i calabresi, visto che stanno rischiando tutti. Ma Pagano mette l’incolumità della figlia davanti agli affari, lasciando Matera basito.
